Index: indico/MaKaC/authentication/LDAPAuthentication.py
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--- indico/MaKaC/authentication/LDAPAuthentication.py	(revision 0d99d418162f326e3cb95ddf70682f108d2b0c17)
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                     org = data.get('company', '')
 
-                if org.strip() != '' and org != av.getOrganisation():
+                if org.strip() != '' and org != av.getOrganisation() and av.isFieldSynced('affiliation'):
                     av.setOrganisation(org, reindex=True)